Sommige klanten stellen vast dat het prijsverschil tussen glutenvrije Natto en Natto met gerst vrij groot is. Een van de redenen hiervoor is dat de productie van gewone Natto (glutenvrij) aanzienlijk eenvoudiger is dan die met gerst. Voordat de gerst gemengd wordt met de sojabonen heeft deze minstens een uur gekookt. Het kookvocht mag echter niet te veel binden. Om dit te voorkomen wordt enkele malen kokend water toegevoegd. Gerst die namelijk te veel gebonden is laat zich moeilijk mengen en zorgt voor een kleverig laagje om de sojabonen. Hierdoor is het ook erg lastig de doosjes te vullen.
Samengevat: Het produceren van Natto met gerst vraagt meer aandacht en is lastiger wat betreft timing. Het grote voordeel is echter dat de met de gerst toegevoegde koolhydraten (m.n. de suikers) de bacterie een aanzienlijke boost geven. Dat resulteert weer in een grotere hoeveelheid vitamine K2 en Nattokinase.
In het proces van Natto maken vormt echter het lezen van de bonen het tijdrovendste deel. Alle verontreinigingen, onrijpe, te grote, aangevreten en beschadigde bonen worden met de hand verwijderd om zo goed mogelijk eindresultaat te geven. In Japanse Natto fabrieken beschikt men over geavanceerde machines met speciale optiek die verontreinigingen herkennen en deze vervolgens uit de grote stroom sojabonen blazen.
Maar we praten daar over tonnen Natto per jaar. In essentie is het productieproces echter vergelijkbaar. Ook bij Nattodan worden de bacteriesporen over de hete sojabonen gesprayd. De hitteschok stimuleert de sporen om over te gaan naar de bacteriefase.