Voor de productie van natto gebruiken we relatief veel water. De bonen worden namelijk enkele malen gewassen. Tijdens het weken nemen ze ongeveer hun eigen gewicht aan water op. En na het weken worden ze uiteindelijk gestoomd. De kwaliteit van het water is erg belangrijk en bepaalt mede de kwaliteit van onze natto.
Nattodan gebruikt 100% grondwater. Dit betrekken we van de WMD. (Waterleidingmaatschappij Drenthe) In een aantal stappen zuiveren zij dit tot betrouwbaar drinkwater. Wij voegen zelf niets toe aan dit water. Drents drinkwater komt uit een waterwingebied uit de omgeving. Het grondwater komt uit de diepe grondlagen. Het bevat allerlei natuurlijke stoffen uit de bodem zoals ijzer, mangaan, gassen en calcium. De bodem is overal verschillend en daardoor verschilt ook de samenstelling van het grondwater per locatie. De kwaliteit is echter uitstekend. Er zijn geen natuurlijke verontreinigingen in aanwezig. In ons land voegen we ook geen fluor toe aan drinkwater, zoals weleens wordt gedacht. Van nature zit er in dit water een kleine hoeveelheid fluor. Drents drinkwater is zacht of gemiddeld hard. De hardheid van ons water is ca. 8,5° dH. (Duitse hardheid)